Os primeiros registros de ocupação de Motuca são de 1892, com a construção da Estrada de Ferro Rincão/Bebedouro, pela Companhia Paulista de Estrada de Ferro.
O local, abundante em recursos hídricos, recebia os condutores e suas boiadas vindos de regiões distantes e o entroncamento da estrada de ferro com a estrada boiadeira era natural, porque tanto havia o descarregamento de boiadas como o de café, produto que após percorrer um longo caminho até o porto de Santos tinha como destino final o mercado europeu.
Como tantas outras áreas do Estado de São Paulo, Motuca teve seu período áureo com a cultura do café e a criação de gado.
Por volta de 1908, houve o assentamento de imigrantes japoneses e portugueses que desenvolveram atividades ligadas ao setor hortifrutigranjeiro e à cafeicultura.
O efetivo crescimento agrícola impulsionou o desenvolvimento políticoadministrativo e, em 31 de dezembro de 1925, passou a distrito do Município de Araraquara.
Depois da década de 50, houve a substituição das outras culturas pela cultura da cana-de-açúcar, que pouco a puco foi tomando conta das pequenas fazendas e sítios, arrendando terras e atraindo o migrante nordestino para a área.
Desse período em diante, houve um lento desenvolvimento econômico e, paenas em 09 de janeiro de 1990, obteve autonomia político-administrativa com a criação do Município.
A denominação do Município provém de um tipo de mosca de mesmo nome, comum na região por causa da grande quantidade de água ali existente.
Gentílico: Motuquense
Fonte IBGE